電子商務網站建設會面臨眾多知識產權問題，包括著作權、商標權、域名權、專利權以及不正當競爭等。著作權方面，網頁界面設計、源代碼、軟件以及網站的內容等均受著作權法律保護。值得注意的是，信息網絡傳播權是著作權人的一項獨立權利，即使已在報刊上刊登或者網絡上傳播的作品，未經著作權人許可，也不得在網絡上連載、摘編，經許可登載的應支付報酬，并不得刪除或者改變作品的權利管理電子信息。
電子商務網站所有者應在網站中就著作權保護相關事項發表聲明，以充分提示網站瀏覽者，并保護自身合法權益。商標權與域名權的交叉侵權是目前比較突出的情況之一，雖然相關法律、法規以及司法解釋對此已有涉及，但是尚有很多空白點，電子商務網站經營者對此應有充分的準備。不要試圖搭名牌“便車”，這樣往往得不償失，當然，對于一些名牌的反向域名侵奪行為也應據理力爭。
對于商標權、專利權的一般性保護，在網絡世界與現實世界并無二致，只是可能侵權的嚴重程度會有所不同。但是在一些國家，對于獨創的商業經營模式也給予專利保護，而由于電子商務本身是嶄新的經營理念，電子商務的很多經營模式都是獨創的，電子商務經營者在采用或者模仿他人的經營模式時就必須特別當心。
