不過定制網站也有自身的缺陷，首先就是網站的建設周期會變得更長，除了前期的溝通和交流，以及資料的整理這些時間除外，僅僅從頁面設計和功能設計就需要花費20個工作日以上的時間。另外企業網站定制成本也會相對較高，通常一個全新的網站建設費用往往能夠達到幾萬元，而且隨著功能的增加這個數量會繼續增長。
最后就是分析企業網站模板定制的優勢。這也是目前比較常見的建設方式，一般來說可以購買一套CMS等建站程序，然后在此基礎上通過定制網站模板來實現網站功能和相關的設計工作。這種方式具有網站建設相對簡單，快速的特點，而且后臺的管理功能也非常全面，容易理解。合適后期的維護。另外就是定制網站模板的成本相對較低，這要比重新設計一個網站系統要便宜很多。最后就是定制模板具有一定的行業特定，網站模板能夠體現出自己企業所在的行業特征，從而提升企業的行業發展形象。
當然網站模板定制也有自己的劣勢，主要是這類網站模板使用的人員相對較多，所以不能夠體現出企業網站的個性化，另外這些模板一旦選擇，進行二次修改相對困難，所以往往并不能夠和企業的經營特性相切合，從而影響網站的用戶體驗。
針對網站定制和模版定制的優劣勢分析可以得知，如果企業網站想要打造自己的品牌形象，再加上自己也有一定的資金實力，那么定制網站建設無疑是其最佳的選擇方案。
